和銅2年（709年）、義淵の弟子・行基により、讃岐国一宮となる田村神社が創建されますが、この時、隣接する大宝院が田村神社の別当となり、名も一宮寺に改められています。
後の大同年間（806年～810年）、空海（弘法大師）が聖観音菩薩像を自刻し本尊として安置、堂宇は修築され、宗派も真言宗に変わっています。
　　戦国時代の天正12年（1584年）、戦火で焼失しますが、江戸時代、讃岐国高松藩2代藩主・松平頼常（まつだいらよりつね）により田村神社が仏教支配の両部神道から唯一神道に変わり（宮寺を廃止）、神社と神仏習合していた一宮寺の寺地も現在地に移されています。
　　その際、田村神社の本地仏（神は仏の仮の姿で、本来の仏＝本地垂迹説）であった聖観世音菩薩は一宮寺の本尊となっています。
　　神仏習合の田村神社・一宮寺が四国八十八箇所83番札所でしたが、一宮寺が札所を引き継いでいます。