インディアス古文書館は、1572年フェリペ2世の命を受けファン・デ・エレ―ラが設計しました。ファン・デ・エレ―ラは、「マドリードのエル・エスコリアール修道院と王立施設」（1984年世界遺産に登録）の設計でも知られるスペインを代表する建築家です。
建築が始まったのは1583年で、その後17世紀まで建設工事は続きました。古文書館は、中央の中庭を囲むように建てられており、スペイン・ルネサンスの代表的建造物です。建設当初は、セビリア商品取引所（カーサ・ロンハ）として使用され、その後、セビリアやカディスなどに分散していたスペイン植民地に関する資料や文書を集積する資料館として活用されるようになります。
古文書館には、コロンブスの航海日記や新大陸発見や新大陸征服当時の貴重な資料などが保存されています。インディアス古文書館は、大航海時代を制したスペインと新大陸（南北アメリカ大陸）のつながりを示す貴重な資料が眠る場所です。