ケルン1777年、大学の前身がベートーヴェンのパトロンでケルン選帝侯のマクシミリアン・フレーデリックにより設立された。啓蒙主義的な新しい学術機関で、伝統的なケルン大学と対照的に、当初開設された国家財政に関する講座は当時のラインラントの生活・経済状況に対応するものだった[3]。1784年、神聖ローマ帝国皇帝のヨーゼフ二世は修士号、博士号を授与する権利を与え、大学化した。1815年、ナポレオン戦争後のウィーン会議でラインラントがプロイセン領となり、この大学もその一部となった。1818年、プロイセン王のフリードリヒ・ヴィルヘルム三世はこの機関を新しい州の大学として位置付けた。 1918年のヴァイマル共和政設立以降、また、1949年のドイツ連邦共和国設立以降も、自然科学、人文科学を中心とした大学として国際的評価を得ている。
ドイツの大学研究費配分制度エクセレンス・イニシアティブの最新版（2019年以降）において、11のエリート大学の1つに指定されている。
ポッペルスドルフ宮殿は、ボン大学の所有する歴史的建造物です。ポッペルドルフ宮殿までは、ポッペルスドルフ通りという真っ直ぐな並木道を通ります。この並木道も美しく、観光スポットの一つになっています。
宮殿は、1715年にケルン選帝侯の宮殿として建てられ、その後ドイツの有名なバロック建築家のバルターザール・ノイマンが改築したものです。現在は、ライン・フリードリヒ・ヴィルヘルム大学ボン（通称ボン大学）が所有しており、中庭までは見学が可能となっています。